Системы с водяными гиацинтами очень эффективны при удалении загрязняющих веществ из сточных вод. Эффективность удаления азота составляет от 10 до 90%. Результаты работы системы водных гиацинтов Iron Bridge во Флориде (США) показали, что удаление фосфора составляет от 35 до 80%. Эта же установка успешно удаляет из сточных вод около 60% БПК и 43% взвешенных веществ. Эти системы могут также эффективно удалять тяжелые металлы, такие как хлор, кадмий, медь и другие. В ходе эксперимента водный гиацинт удалил из сточных вод 72% кадмия. Водные растения удаляют загрязняющие вещества, непосредственно ассимилируя их в своих тканях и создавая подходящую среду для микроорганизмов, которые трансформируют загрязняющие вещества и снижают их концентрацию. К таким биохимическим и физико-химическим процессам, протекающим в этих системах, относятся нитрификация/денитрификация и улетучивание аммиака. Накопленные биогенные вещества и тяжелые металлы удаляются из водных систем путем сбора растений и дноуглубительных работ. Таким образом, водный гиацинт эффективно удаляет биогенные сточные воды.